iPon Hírek

Felhőben a humán genom

Dátum | 2012. 04. 02.
Szerző | Jools
Csoport | IT VILÁG

A világ legnagyobb emberi genetikai adatbázisa mostantól bárki számára elérhető az Amazon Web Services (AWS) nyilvános felhőjében. Első körben összesen 1700 ember genetikai adatait hozták nyilvánosságra, melyeket a nemzetközi 1000 Genom Projekt részeként gyűjtöttek össze. Ennek végcélja 2662 emberi genom közzététele a világ minden tájáról a tudományos kutatás megkönnyítése érdekében. A kutatók konkrétan olyan genetikai variánsokat keresnek, amelyek gyakorisága meghaladja az egy százalékot a rendelkezésre álló mintában. Azt remélik, hogy az adatok alapján jobban megérthetik, hogy pontosan milyen faktorok állnak egyes betegségek felbukkanásának hátterében.

Az adatbázis mérete jelenleg 200 terabájt, és ez már olyan adatmennyiséget jelent, amelynek elemzéséhez és kezeléséhez nagyon kevés kutató rendelkezik erőforrásokkal. Az AWS erre a problémára kínál most megoldást, mivel az adatok analíziséhez is helyet biztosít. Míg maguk az adatok ingyenesen hozzáférhetők, azért már fizetni kell, ha a felhasználók a cég valamelyik platformján (Amazon Elastic Compute Cloud, Amazon Elastic MapReduce) kívánják elvégezni a Simple Storage Service-en tárolt adatok elemzését. Megéri azonban kihasználni a lehetőséget: A szolgáltatások kifizetése még mindig sokkal olcsóbb, mintha az egyes kutatóintézetek maguk gondoskodnának a szükséges sávszélességről, az adattárolásról és az elemzéshez szükséges számítástechnikai háttérről. A felhőn keresztül sokkal gyorsabban folyhatnak a különféle elemzések, és ami a legfontosabb: nem kell hozzá letölteni a gigantikus adatmennyiséget.


Az 1000 Genom Projekt 2008-ban indult, célja a az emberi génállományban található varianciák részletes feltérképezése. A teljes minta a világ 26 emberi populációjából fog összeállni. A hátralevő csaknem ezer genomot még ebben az évben szekvenálják, és a lehető leghamarabb közzéteszik.

Az első emberi genom szekvenálása több mint 10 évet vett igénybe és több milliárd dollárba került. A technológia fejlődésével szerencsére jelentősen felgyorsult ennek menete, és megvalósíthatóvá váltak az 1000 Genom Projekthez hasonló vállalkozások. A több adat kezelésének és elemzésének megvalósításához viszont ismét csak technológiai fejlődésre volt szükség, mondta el Deepak Singh, az AWS munkatársa. Az új szolgáltatás révén a világ szegényebb és kevésbé felszerelt laborjaiban is ugyanolyan esélyekkel kutakodhatnak az adatok közt, mint a legnagyobb kutatóintézetek munkatársai. A kutatók így a tudomány előrehaladására koncentrálhatnak az anyagiak előteremtése helyett. 

Új hozzászólás írásához előbb jelentkezz be!