iPon Hírek

Google PageRank ‒ molekulákra

Dátum | 2012. 02. 20.
Szerző | Jools
Csoport | EGYÉB

Aurora Clark, a Washingtoni Állami Egyetem kémikusa a Google PageRank szoftverének egyedi alkalmazási lehetőségét találta meg: a szoftver általa létrehozott variációja, a moleculaRnetworks segítségével a kutatók drága laborkísérletek végrehajtása nélkül határozhatják meg a molekulák alakját és kémiai reakcióit. Clark és kollégái a Journal of Computational Chemistry oldalain számolnak be az új szoftverről.

A program a víz hidrogénkötéseire összpontosít, mivel a víz a leggyakoribb oldószer, valamint kulcsszerepet játszik a legtöbb biológiai folyamatban. Az élő szervezetekben a víz nagyon fontos funkciókat tölt be a fehérjék hajtogatódásában nyújtott segítségétől kezdve oldószerként való szerepéig. Mindezek a folyamatok nagyon összetettek és a másodperc tört része alatt rengeteg dolog történik egyszerre ‒ nagyon hasonlóan ahhoz, ahogy az internetdomainek viselkednek.


A Google PageRank szoftvert a Stanfordon fejlesztették ki, és egy algoritmus segítségével felméri és rangsorolja a keresési eredményeket fontosságuk szerint. Alapvetően a rendszer arra a feltételezésre épít, hogy a weboldalak készítői általában azokra az oldalakra linkelnek a saját lapjukról, amelyeket jónak és fontosnak tartanak, így minden hiperlink felfogható egy-egy szavazatként a céloldalra. Minél több szavazatot kap egy oldal, annál fontosabb, de azt is figyelembe kell venni, hogy a szavazatot leadó oldal mennyire fontos: az a fontos oldal, amelyre más fontos oldalak mutatnak. A PageRank ezen fontosság számszerűsítése. Clark és kollégái rájöttek, hogy a molekulák közti kölcsönhatások párhuzamba állíthatók a weboldalakat összekötő linkekkel. Egyes kapcsolódások erősebbek és nagyobb valószínűséggel jönnek létre, mint mások.


„Két vízmolekula olyan, mint két weboldal, és köztük fellépő hidrogénkötés a hiperlinknek felel meg. Millió és millió molekulát térképezünk fel, így információkat kapunk vizet alkotó molekulák teljes hálózatáról” ‒ mondja Clark.

A PageRank algoritmus azért működik olyan hatékonyan, mert a világháló nagy részét képes egyszerre áttekinteni. Ehhez hasonlóan az új szoftver is gyorsan képes molekulák millióinak interakcióit felmérni, és ezen keresztül megjósolni a különféle reakciók végkimenetelét.

A számítástechnika egyre fontosabb részét alkotja a kémiai kutatásoknak. A reakciók modellezésének lehetősége sok lehetőséget rejt magában, hiszen nem termel hulladékot és senki sincs semmiféle veszélynek kitéve, mivel a kísérletek valójában nem zajlanak le, mondja Clark, akinek a radioaktív szennyeződések azonosítása és eltávolítása a szakterülete. Az új szoftver segítségével a jövőben sokat megtudhatunk ezekről a veszélyes anyagokról, anélkül hogy a közelükbe kellene mennünk, folytatja.

Új hozzászólás írásához előbb jelentkezz be!